La biotecnológica francesa Generare acelera la búsqueda de nuevos fármacos mediante la clonación de moléculas naturales

La startup francesa de biotecnología Generare ha cerrado una ronda inicial de 5 millones de euros (alrededor de 5,5 millones de dólares al tipo de cambio actual) para acelerar el desarrollo de lo que promociona como un enfoque altamente escalable para identificar compuestos prometedores para el descubrimiento de fármacos que ya existen en la naturaleza. Se centra en buscar moléculas producidas por microorganismos pero que podrían reutilizarse como tratamientos en humanos.

Estas moléculas alguna vez fueron una rica fuente de descubrimiento de fármacos utilizando las primeras técnicas de descubrimiento basadas en la química. El ejemplo cardinal es el efecto antibiótico del Penicillium, que se detectó después de que el moho creciera en una placa de Petri de laboratorio.

Pero encontrar moléculas menos comunes que podrían convertirse en la base de nuevos antibióticos, anticancerígenos u otros medicamentos requiere un nuevo tipo de enfoque que pueda examinar grandes cantidades de material genético, dice el cofundador y director científico de Generare, el Dr. Vincent Libis.

“Estamos realmente interesados ​​en descubrir moléculas químicas producidas por bacterias”, explica. “Los codifican en genes, que es básicamente (una) receta genética para (una) molécula. Entonces, lo que estamos buscando son estas recetas genéticas. Y todas nuestras tecnologías se centran en detectar nuevas recetas genéticas y luego manipularlas para obtener las moléculas que codifican”.

“Así que (es) mucha biología molecular secuenciar el ADN, cortar y pegar ADN, y bioinformática, o biología computacional, seleccionar cuál de estas recetas genéticas quieres seguir primero, y qué esperas de las moléculas que cómo codifican”.

Caza de drogas ‘a escala planetaria’

Fundada en octubre de 2022, la startup dice que ha ideado una técnica que se basa en la clonación y la biosíntesis para dividir el material genético de los microorganismos en millones de fragmentos para permitir un análisis más rápido, lo que hace que sea mucho más rápido y fácil identificar nuevas moléculas de interés.

Aunque todavía joven para ser una biotecnológica, Generare ya ha podido identificar más de 1.000 “recetas genéticas”, como llama a las moléculas de interés, desde que comenzó a operar su plataforma de descubrimiento hace 12 meses. Parte de este primer recorrido incluye más de 100 moléculas químicas “novedosas” y algunas tienen actividades antibióticas.

El enfoque que está adoptando depende de ampliarlo para lanzar una red muy amplia que pueda analizar masas de material genético para encontrar la minoría de compuestos útiles escondidos entre la tierra.

“Debido a que estas moléculas tienen mucho éxito, cuanto más encuentres, más posibilidades tendrás de encontrar el próximo medicamento de mil millones de dólares, básicamente”, le dice a TechCrunch el director ejecutivo y cofundador Guillaume Vandenesch. “Es como si estuvieras jugando un juego de mesa y trataras de obtener un doble seis, pero estás lanzando como 100 o 1000 dados a la vez.

Generare se basa en alrededor de una década de trabajo de Libis en ingeniería genética que sustenta su enfoque. Básicamente, el método implica tomar ADN extraído de un microorganismo que codifica una molécula natural, colocar la receta genética en un laboratorio huésped y producir (él lo llama impresión) la molécula en un tubo de ensayo, “donde realmente se puede interrogar”.

La startup dice que este método le permite explorar toda la diversidad química de los microbios. También habla de su plataforma que permite escanear nuevas recetas genéticas “a escala planetaria” como resultado de la eficiencia con la que puede realizar la búsqueda.

“Si se quiere explorar todo el mapa de moléculas naturales producidas por microbios, es necesario disponer de una tecnología que sea extremadamente eficiente y extremadamente rentable”, subraya Vandenesch.

La secuenciación de ADN se ha utilizado en el desarrollo de fármacos durante unos 15 años, según Libis. Más recientemente, hace unos cinco años, una ola de startups comenzó a utilizar la secuenciación de ADN para extraer moléculas naturales específicamente. Generare pretende mejorar esfuerzos anteriores acelerando el análisis del material genético.

Está patentando su enfoque y lo que Libis llama “la implementación matemáticamente más eficiente” del mismo.

“Lo que ponemos sobre la mesa, la tecnología realmente diferenciadora, es en qué escala Podemos hacer esto”, le dice a TechCrunch. “Realmente tenemos una capacidad mucho más rápida para pasar de una receta genética (desconocida) a una molécula en un tubo de ensayo. Y esto es posible gracias a nuestra, llamémosla, tecnología de clonación, que simplemente separa muy rápidamente las hebras de ADN que contienen esta receta genética en una cepa de laboratorio para que podamos expresar y luego caracterizar la actividad”.

Compara el proceso con quitarse una venda en los ojos que revela la diversidad genética de las moléculas. Al hacerlo a escala, la startup puede organizar y agrupar compuestos en grupos que tengan el mismo aspecto; grupos que fabrican moléculas ya patentadas (lo que evita); y grupos que parecen codificar moléculas prometedoras. “Así que esto permite una búsqueda mucho más ordenada: utilizando el ADN como guía”, añade.

“Trabajé durante casi 10 años para encontrar una solución a la velocidad con la que podíamos tomar un fragmento de ADN y llevarlo a otra cepa de laboratorio, que fue el cuello de botella de todo este proceso”, continúa Libis. “Nos topamos con una solución: obtuvimos una capacidad mucho más rápida para transferir estos genes. Y eso fue lo que motivó el inicio de la empresa.

“Ese es nuestro elemento realmente diferenciador… Así que es sólo mucha investigación”, añade.

Cavando en la tierra

Los suelos son la elección inicial de Generare para escalar esta búsqueda de moléculas naturales debido a la cantidad de microorganismos que contienen y a la antigua “guerra” de supervivencia/supremacía que se ha librado entre las innumerables entidades microscópicas que viven en el suelo. Fomenta el desarrollo de nuevas protecciones químicas contra bacterias u hongos u otras amenazas.

“En el suelo hay 1.000 especies (de bacterias) por gramo y esto está en todo el planeta”, dice Libis, y añade: “Esta guerra se (libra) mediante armas químicas, que son estas moléculas, y por eso han sido ‘innovando’, la guerra ha estado ocurriendo durante cientos de millones de años”.

Identificar más de la “química realmente poderosa” que ha evolucionado a través de procesos naturales, mediante los cuales una entidad biológica desarrolla una herramienta “para alterar la biología de otro organismo” y darle un “buen uso” en el cuerpo humano es la misión principal de Generare.

“Estas bacterias evolucionaron durante 400 millones de años. Probablemente hayan inventado muchas cosas que podrían ser muy valiosas para nosotros”, añade Vandenesch. “Hay tantos organismos orgánicos diferentes que se adaptan a tantas condiciones diferentes… básicamente hay un tesoro escondido que está listo para ser descubierto”.

Más allá de los microbios del suelo, la startup dice que los entornos marinos ofrecen otro vasto coto de caza donde puede aplicar su enfoque.

“Lo realmente interesante, en cierto modo, es que conocemos sólo el 3% de todas estas sustancias químicas producidas por microbios”, añade Libis.
“(La humanidad) sólo ha descubierto el 3%… por lo que aún es necesario explorar un gran yacimiento”.

“Sabemos que sólo encontramos el 3% porque vemos un 97% más de genes que moléculas conocidas”.

Industrializando una década de investigación

Hasta ahora Generare ha cerrado un acuerdo con la empresa biotecnológica francesa Aurobac Therapeutics para poner a prueba su tecnología. Es una empresa que se centra en el desarrollo de nuevos antibióticos.

La nueva financiación inicial se utilizará para industrializar su enfoque de transferencia de genes para que pueda descubrir cómo ampliarlo convirtiendo sus procesos de laboratorio en una línea de producción más parecida a una fábrica, que sea lo más sencilla y optimizada posible.

“La visión es explorar a escala planetaria lo que solía ser la modalidad más exitosa en la historia de la farmacéutica y la agroquímica”, dice Libis. “Pero básicamente, los próximos dos años, simplemente estamos tratando de prepararlo para el horario de máxima audiencia, donde básicamente vamos tras todo el mundo”.

Su modelo de negocio lo verá participando en el “codesarrollo” de medicamentos con compañías farmacéuticas, con el objetivo de obtener un retorno de cualquier “molécula bioactiva valiosa” que haya llamado la atención de sus socios.

Dados los largos plazos que implica llevar nuevos medicamentos al mercado, Generare confirma que la startup buscará recaudar más financiación, probablemente en un par de años.

“Nuestro sueño es que, en 18 meses, tengamos los planos de la facultad, ya sabes, metro por metro, exactamente qué está haciendo cada paso y qué equipo se necesita”, añade. “Entonces recaudaremos fondos para eso: construir esto en la vida real”.

La compañía también cree que su plataforma podría tener aplicaciones en otros sectores, como apoyar el desarrollo de nuevos agroquímicos con moléculas naturales para reemplazar los pesticidas e insecticidas tradicionales. Incluso podría tener usos en la industria cosmética. Pero su atención inicial se centra en los productos farmacéuticos, donde existe una necesidad apremiante.

La resistencia a los antibióticos es un problema creciente, por lo que existe una clara necesidad de repensar el descubrimiento de fármacos. Sin embargo, Libis también advierte que la cuestión clave es el modelo de negocio fallido que necesita que los gobiernos intervengan con subsidios si la humanidad quiere evitar una crisis total de fracaso del tratamiento.

“Los antibióticos son simplemente un mercado roto”, afirma. “Económicamente, es muy difícil tener un modelo de negocio viable cuando se descubren los antibióticos. Es una gran comodidad una vez que los tienes. Y además, la gente no utiliza los más potentes, por lo que las empresas que los descubren tienen dificultades para recuperar sus gastos de I+D. Así que lo que necesitamos, de hecho, es principalmente una respuesta gubernamental –a escala de la UE, a escala de Estados Unidos– que inyecte alguna garantía de que la empresa que invierte en I+D y antibióticos obtendrá un retorno de su inversión”.

“Hay esperanza”, añade. “Existe la Ley PASTEUR en EE.UU. que podría aprobarse y ofrecer este tipo de garantía, y la UE también está trabajando activamente. Pero es realmente urgente que algo pase allí. Entonces, por ahora, estamos asumiendo el riesgo y logramos convencer a nuestros inversionistas de que deberíamos trabajar en esta actividad, que el panorama va a cambiar y que habrá subsidios para compensar. Pero es una lucha diaria”.

“Durante dos años lograremos doblegarlos. Pero dentro de cinco años, si en algún momento nada ha cambiado, nos veremos obligados a volver a centrarnos también en indicaciones más garantizadas”.

Los inversores en la semilla de Generare incluyen Teampact.ventures, Galion.exe y VIVES Partners, respaldado por la UE. También participaron Synbioven, Saras Capital y Better Angle, además de diversos business angels.

Con tantas moléculas acechando en algún lugar esperando ser descubiertas, Generare no parece preocupado de que los competidores asalten los tesoros de la naturaleza antes de que tenga la oportunidad de aplicar su metodología de cribado a gran escala. Pero menciona que empresas como Hexagon Biosciences y LifeMine Therapeutics, con sede en EE. UU., juegan en el mismo campo.